Les 9 meilleurs logiciels de facturation en 2026

Vous cherchez le meilleur logiciel de facturation ?

Bonne pioche : voici notre comparatif 2026 des solutions les plus solides, selon votre profil. Du devis-facture express à la facturation avec options comptabilité, il y en a pour chaque façon de bosser !

Par Jennifer Montérémal • Le 15 janvier 2026

Sommaire

Qu’est-ce qui compte vraiment quand on choisit son logiciel de facturation ?

Choisir un logiciel de facturation, ce n’est pas juste « faire de jolies factures ». Le bon outil, c’est celui qui vous fait gagner du temps, vous aide à être payé plus vite et surtout reste conforme alors même que la réglementation bouge souvent (coucou la facturation électronique 👋) !

Voici les 5 critères qui font VRAIMENT la différence.

#1 La conformité (le critère number one !)

C’est LE point qui distingue la facturation de beaucoup d’autres catégories logicielles. En effet, un outil de facturation doit aider à rester conforme sur bien des aspects :

la présence de mentions obligatoires ;
la numérotation et l’inaltérabilité des documents ;
la gestion de la TVA (taux, exonérations, cas particuliers) ;
l’archivage et la traçabilité, etc.

C’est justement là que se joue la valeur d’un « bon » logiciel : pas dans le fait d’éditer une simple facture, mais dans le fait de le faire proprement, de manière sécurisée et traçable. De ne pas dépendre d’un modèle Word bricolé en somme.

🤔 Quid de la Plateforme Agréée ?

Avec la réforme de la facturation électronique à venir, les entreprises devront passer par une Plateforme Agréée (ex-PDP) pour :

émettre, transmettre et recevoir les factures électroniques ;
envoyer les données utiles à l’administration (facturation + e-reporting selon les cas)

C’est pourquoi, dans ce comparatif, on précise quand un logiciel est immatriculé Plateforme Agréée sous réserve (1) : c’est un vrai signal d’alignement avec la réforme !

👉 Pour en apprendre davantage sur le sujet, rendez-vous sur notre article Facture électronique 2026 : liste des logiciels PDP, ou Plateformes de Dématérialisation Partenaires.

À date du 14 janvier 2026

#2 L’automatisation du recouvrement

D’après une enquête Coface de 2025, 55 % des TPE jugent l’impact des retards de paiement « critique » sur leur trésorerie.

Un bon logiciel de facture ne se contente donc pas d’émettre des factures : il doit aussi vous aider à les encaisser. D’où l’intérêt de regarder de près des fonctionnalités telles que les relances automatiques et le suivi des statuts (envoyée, en retard, payée).

#3 La fiabilité comptable : TVA, export, collaboration cabinet

La facturation est un sujet « finance », pas juste « admin ». Jugez également votre future solution sur sa capacité à produire des exports propres pour votre expert-comptable.

Mais aussi, en fonction des cas, sur la manière dont il fluidifie la collaboration avec ce dernier.

#4 L’adaptabilité à votre réalité terrain

Bien entendu, il faut que votre logiciel de facturation colle à la réalité de VOTRE métier.

Pourquoi ? Parce qu’un outil généraliste oblige souvent à bidouiller (Excel à côté, copier-coller, factures retouchées, etc.), ce qui finit par coûter cher en temps. Voire vous mettre dans la panade parce que factures bricolées = illégales.

À l’inverse, un logiciel pensé pour votre activité intègre déjà les bons formats, les bons réflexes et les bons workflows.

Par exemple, un professionnel du BTP recherchera des fonctionnalités telles que les factures de situation ou encore la bibliothèque d’ouvrages, car son métier implique une logique de chiffrage très structurée.

Un indépendant, lui, misera sur la simplicité et l’automatisation, pour ne pas passer ses soirées à faire de la paperasse.

#5 L’évolutivité de la solution

Dernier critère souvent sous-estimé : votre logiciel doit être en mesure de grandir avec votre entreprise. Parce qu’en pratique, on ne garde pas le même fonctionnement quand on passe de 5 à 20 clients… puis à 200.

Selon vos ambitions, il convient d’opter pour un outil évolutif, capable de :

s’aligner sur l’augmentation des volumes (plus de devis, plus de factures, plus de relances) ;
suivre la complexification de votre activité et de vos process.

Et pourquoi pas de proposer l’ajout de briques complémentaires (CRM, marketing, gestion de stocks, etc.).

Voir tous les logiciels Devis et Facturation

Tableaux récapitulatifs des meilleurs logiciels de facturation

Tableau comparatif général

Logiciel	Pour qui ?	Principaux avantages	Principaux inconvénients
Sage 50	PME structurées	Très robuste pour relier la facturation et la comptabilité	Prise en main et mise en place plus exigeantes
Sellsy	PME commerciales	Centralise les ventes (CRM) et la facturation dans une même suite	Peut être surdimensionné si besoin de facturation simple
Evoliz	TPE en croissance	Excellent palier pour structurer la facturation après Excel	Moins adapté aux organisations multi-entités et/ou complexes
Indy	Indépendants et auto-entrepreneurs	Très simple et guidant pour rester conforme	Peu adapté à une facturation avancée ou pour les PME
Axonaut	Sociétés de services	Bon équilibre entre facturation, suivi client et pilotage	Moins pertinent pour l’industrie, le négoce et les besoins métier très spécifiques
Facture.net	Débutants	Gratuit et immédiatement opérationnel	Limité dès qu’on cherche du pilotage ou des intégrations
iPaidThat	Entreprises qui collaborent avec un expert-comptable	Optimise la collecte et la transmission des factures au cabinet	Limité si vous voulez gérer toute votre compta en autonomie
Obat	Entreprises du BTP	Vraiment conçu pour les contraintes BTP (factures de situation par exemple)	Peu pertinent en dehors du bâtiment
Yooz	Grandes organisations qui dématérialisent leurs factures	Industrialise le traitement de gros volumes de factures (workflows)	Ne remplace pas un outil de devis et facture classique

Tableau comparatif des fonctionnalités

Logiciel	Relances auto	Suivi paiements/statuts	Export compta	Comptabilité avancée	CRM	Plateforme Agréée sous réserve
Sage 50	✅	✅	✅	✅ (avec le plan Comptabilité + Facturation)	❌	✅
Sellsy	✅	✅	✅	❌	✅	✅
Evoliz	✅	✅	✅	✅	❌	❌
Indy	✅	✅	❌	❌ (comptabilité simplifiée adaptée au régime micro)	❌	✅
Axonaut	✅	✅	✅	❌	✅	✅
Facture.net	✅ (limité)	✅	❌	❌	✅	❌
iPaidThat	✅ (limité)	✅	✅	❌	❌	✅
Obat	✅	✅	✅	❌	❌	❌
Yooz	✅	✅	✅	❌	❌	✅

Tableau comparatif des prix

Logiciel	Formule gratuite	Prix d’entrée/mois/utilisateur	Essai gratuit
Sage 50	❌	À partir de 20 € pour l’offre Devis et facturation	✅ 30 jours
Sellsy	❌	À partir de 39 € pour l’offre Standard	✅ 15 jours
Evoliz	❌	À partir de 16 € HT/mois/utilisateur pour l’offre Smoothie Banane	✅ 15 jours
Indy	✅	À partir de 9 € HT/mois/utilisateur pour l’offre Plus	❌
Axonaut	❌	À partir de 34,99 € HT/mois/utilisateur pour un engagement de 3 ans	✅ 15 jours
Facture.net	✅	NC	NC
iPaidThat	❌	À partir de 59 € HT/mois/utilisateur pour l’offre Essentiel	✅ 14 jours
Obat	❌	À partir de 25 € HT/mois/utilisateur pour l’offre Pro, pour micro-entreprise non assujettie à la TVA	✅ 14 jours
Yooz	❌	À partir de 99 € HT/mois pour 100 docs mois, avec l’offre Business Edition	❌

Tarifs relevés en janvier 2026

Sage 50 - pour les PME structurées

Sage 50, c’est clairement la solution taillée pour les PME en quête d’un logiciel de facturation solide, pas d’un simple outil « devis-factures ».

De l’édition des devis et factures au suivi des encaissements, tout est pensé pour gérer proprement… et surtout pour faire le lien avec la comptabilité. Autrement dit, si votre entreprise et vos volumes croissent, que vous visez une solution stable au quotidien, Sage est clairement dans son élément.

Et côté crédibilité, vous êtes tranquille : Sage, c’est une valeur sûre, portée par des dizaines d’années d’expertise.

🧾 Sage est immatriculé Plateforme Agréée sous réserve.

À qui ça s’adresse ?

Les PME structurées dotées des process de gestion déjà bien en place.
Les entreprises avec des volumes importants de factures à traiter.
Les PME qui veulent relier la facturation + la comptabilité au sein d’un outil robuste

Les fonctionnalités qu’on aime

Paramétrage TVA avancé : configuration de plusieurs taux, exonérations et règles selon la nature des opérations.
Gestion des règlements : enregistrement des encaissements et association des paiements aux factures correspondantes.
Catalogue articles et prestations : création d’une base produits et services avec les références, les prix, les unités et les remises.
Lien facturation et comptabilité : génération d’écritures comptables à partir des pièces de vente.
Gestion du cycle commercial : suivi des devis, commandes et factures dans un même environnement.

👍 LES PRINCIPAUX AVANTAGES

Éditeur reconnu et rassurant pour une PME

Écosystème large de revendeurs, intégrateurs et ressources disponibles

Outil durable accompagnant la croissance de l’entreprise

Cohérence forte avec une approche comptable structurée (culture DAF)

👎 À ÉVITER SI

Vous cherchez un outil ultra moderne côté interface

Vous avez besoin d’un déploiement immédiat sans accompagnement

Vous êtes très limité en termes de budget

Vous n’avez pas de personne référente pour administrer l’outil

84 %

satisfaction utilisateur

40 000

partenaires agréés

40+ ans

expertise éditeur

Formule gratuite	Prix d’entrée	Essai gratuit
❌	À partir de 20 € HT/mois/utilisateur pour l’offre Devis et facturation	✅ 30 jours

Sage 50

+200 avis

Gestion comptable et commerciale pour TPE & artisans

En savoir plus sur Sage 50

Sellsy - pour les PME commerciales

Sellsy est un logiciel tout-en-un pensé pour les PME commerciales souhaitant connecter la facturation et les ventes, sans multiplier les outils.

Grâce à lui, vous passez d’un prospect à un devis, puis à une facture, tout ça en quelques clics. Un vrai gain de temps au quotidien ! Doté d’une interface intuitive et riche en automatisations (relances, suivi, etc.), l’ensemble promet un pilotage complet de votre activité.

Vous centralisez tout au même endroit : le CRM, la facturation… et pouvez même ajouter une brique gestion de trésorerie ou marketing si nécessaire.

🧾 Sellsy est immatriculé Plateforme Agréée sous réserve.